La història relata que Lluís el Piadós, fill de Carlemany, l'any 801, durant la reconquesta de Barcelona, va fer construir en aquest lloc una petita església dedicada a Sant Sadurní.
L'any 945, el comte de Barcelona, Sunyer I, i la seva esposa, Riquilda, varen decidir fundar un monestir de monges benedictines dedicat a Sant Pere, un monestir que es convertia en el primer convent benedictí de tradició femenina que hi havia a Barcelona.
L'any 985 el monestir, aleshores enclavat fora de les muralles, va ser totalment destruït per la incursió d’Almanzor, i poc temps després va ser reconstruït.
Al segle XII, els almoràvits van tornar a destruir el monestir i el 13 de gener de 1143 el temple va tornar a ser consagrat, aleshores va entrar en l’època del seu màxim esplendor fins el segle XV, tres-cents anys durant els quals va gaudir de la protecció del Papa i del rei Alfons I d’Aragó.