Creada al segle XI sota l'auspici i el patronat dels comtes d'Urgell, la Colegiata de Sant Pere, restaurada durant les darreres dècades per l'Associació d'Amics de Sant Pere de Ponts, és el que es conserva del que fou seu canònica d'una congregació agustiniana.
La primera notícia de l’església de Sant Pere de Ponts i del castell al qual estava vinculada és de l’any 1024, amb motiu de la celebració d’un judici a la mateixa església en el que intervingueren Ermengol II d’Urgell (comte entre el 1010 i 1038), Berenguer Ramon I (comte de Barcelona entre 1018 i 1035) i, la seva mare Ermessenda de Carcassona, entre altres.
El 1091 se li concedeixen els drets eclesiàstics. I, el 1098, ja es troba documentació dels canonges corresponents a la canònica.
El dret de canònica suposava que hi havia vida comunitària, menjador i dormitoris on els clergues ja tenien una reglamentació: un rector, un vicari, etc.
Al llarg del temps la canònica va ser el centre cultural de Ponts, ensenyament, còpia de llibres, notaria, préstec de diners, etc. La seva subsistència es basava en els diners que rebia en concepte dels treballs esmentats, a més a més dels delmes de cereals, llanes, dret de mercats, almoines, funerals, etc.
En els anys posteriors pateix un període de decadència que durarà molts anys, a favor de l'església de Santa Maria del mateix poble. El 1839, durant el final de la Primera Guerra Carlina, l'edifici fou cremat i saquejat per les tropes absolutistes.
