Tenim constància de que fa uns 7500 anys, tribus neolítiques ja vivien per aquesta zona i més tard els ibers, romans i visigots també varen deixar la seva empremta per la zona.
Durant el segle X, la vila de Sant Joan pertanyia als senyors de Vilademuls i hi ha constància de que l'any 958 es consagra el temple a Sant Esteve, precursor de l'actual monestir. Al segle XIII ja apareix documentat el pont sobre el riu Fluvià que millorava la comunicació entre els comtats de Besalú, la Cerdanya i Berga.
Malauradament els terratrèmols dels anys 1427 i 1428 i l'arribada de la peste negra varen suposar un important revés pel poble que tot i així va anar recuperant-se fins a les guerres contra França i dels segadors.
